Orgány podniku jsou ředitel a dozorčí rada. Ředitel je statutárním orgánem podniku, který řídí činnosti podniku a rozhoduje o všech jeho záležitostech, pokud nejsou zákonem vyhrazeny do působnosti zakladatele. Ředitele jmenuje a odvolává ministr dopravy. Ředitel jmenuje a odvolává dva zástupce ředitele podniku s určením jejich pořadí. První zástupce ředitele zastupuje ředitele v době jeho nepřítomnosti, druhý zástupce zastupuje ředitele v době nepřítomnosti ředitele a prvního zástupce ředitele. Zastupování ředitele v době jeho nepřítomnosti provádí příslušný zástupce ředitele v plném rozsahu pravomocí a odpovědností ředitele. Dozorčí rada je tříčlená, dva členové dozorčí rady jsou jmenování zakladatelem, jeden člen dozorčí rady je zvolený zaměstnanci podniku.